Hace más de 200 años, los primeros pobladores del cantón, llamado en ese entonces La Lajuelita, colocaron una imagen en la cerca donde hoy está el Santuario Nacional. La imagen representaba al Cristo Negro, y fue confeccionada en la provincia de Cartago.
La tradición empieza por la influencia de los padres franciscanos, quienes llegaron al país luego de visitar Guatemala. En este país centroamericano, hay un municipio llamado Esquipulas, que es parte del departamento de Chiquimula.
En 1835, los devotos alajueliteños se organizan y solicitan una autorización a la Capitanía General para establecer una parroquia. Una vez concedido el permiso, se construye la primera ermita, hecha de de adobe y barro. Más tarde, la ermita fue demolida y sus cimientos se encuentran hoy debajo del Santuario Nacional.
Fue el padre Enrique Kern, quien instaló las campanas y los vitrales del Santuario Nacional Santo Cristo de Esquipulas. Sin embargo, antes de que el cargamento con estos materiales llegara al cantón, el pueblo, supuso que las ganancias generadas por la iglesia serían usadas de forma egoísta por el padre.
No obstante, cuando los alajueliteños vieron la verdadera inversión en el templo católico, en señal de desagravio, le entregan al padre la primera imagen del Cristo Negro. Así, desde 1910, el padre guarda consigo al Santo Cristo de Esquipulas, luego de haberse sacudido el polvo de los pies en el puente del río Tiribí, declarando que no volvería a Alajuelita a causa de la desconfianza del pueblo.
Actualmente, Alajuelita cuenta con 4 imágenes del Santo Cristo de Esquipulas:
-La primera recuperada el año pasado (la que guardaba el padre Enrique).
-La segunda también esculpida en Cartago, pero más grande que la primera.
-La tercera traída de Guatemala. Está hecha de una sola pieza de madera, y tiene una forma particular. Además, es a esta a la que se le atribuyen muchos milagros.
-Y la cuarta traída desde el 2005 por el padre Gustavo Adolfo Rojas, quien vio la necesidad de proporcionar una imagen mejorada, pues la anterior estaba ya deteriorada.
